De manière générale, la bataille des 12 maisons est une bataille qui oppose les chevaliers d'or à leurs adversaires. Dans le manga, il y a deux batailles des 12 maisons.
Chevaliers de bronze contre chevaliers d'or[]
La première bataille des 12 maisons du zodiaque oppose Seiya, Shun, Hyôga, Shiryû aux chevaliers d'or Mû, Aldébaran, Saga (grand pope), Camus, Shura, Aphrodite, Shaka, Milos, Deathmask et Aiolia bien que certains laissent passer librement les chevaliers de bronze, étant opposés au grand pope actuel (Saga). Cette bataille a pour objectif de sauver Athéna qui a reçu une flèche de Ptolemy (chevalier d'argent) qui s'enfoncera dans son cœur après 12 heures. Les chevaliers de bronze parviennent à atteindre le grand pope mais ce dernier ne peut sauver Athéna de la flèche mais Athéna sera sauvée par son bouclier.
Troupes d'Hadès contre chevaliers d'or[]
La seconde bataille des 12 maisons du zodiaque oppose les troupes d'Hadès aux chevaliers d'or Mû, Aldébaran, Shaka, Milos, Aiolia et Dôko (maître de Shiryû), Camus, Shura, Deathmask, Aphrodite, Saga et Shion (ancien grand pope) étant passé sous les ordres d'Hadès. Lors de cette seconde bataille, les chevaliers d'or doivent non seulement affronter les anciens chevaliers d'or mais aussi les spectres "inférieurs" de Rhadamanthe. Tous les spectres vont périr, excepté Fairy. Après avoir anéanti les spectres, les chevaliers d'or doivent faire face à leurs anciens camarades, et après que Shaka ait affronté en même temps Saga, Shura et Camus, ils se confrontent à Milos, Mû et Aiolia en utilisant la technique interdite "Athéna exclamation" dont la puissance serait équivalente à celle du Big Bang. Lors de cet affrontement, Shiryû intervient pour séparer les deux attaques de puissances similaires et détruit ainsi la maison de la Vierge avec son surplus de force.