Deus é uma possível divindade citada em vários momentos da série. Deus e outro ser, referido em Os Guerreiros do Armageddon como Criador, podem ser a mesma existência.
Nunca mostrado na série, este é o deus das fés cristã, judaica e islâmica, e possivelmente de diversas outras seitas monoteístas.
Menções claras

Deus, como ilustrado em The Lost Canvas.
- Quando Hyoga de Cisne é apresentado, é revelado que o crucifixo de ouro de sua mãe Natássia (que seguia uma certa seita cristã) está sempre com ele.
- Em A Lenda dos Defensores de Atena, Hyoga diz a Berengue de Cabeleira de Berenice que o Deus no qual acreditava sua mãe, que o ensinara a amar o próximo acima de tudo, era um Deus bondoso, diferente de Abel.
- Na época da guerra santa de 1743, o cristianismo já dominava grande parte do mundo (incluindo o local onde Tenma e Alone cresceram), e a presença de igrejas erguidas para este Deus é constante na série spin-off The Lost Canvas. Alone em determinado momento o menciona quando Radamanthys deixa de controlar o sangue de Hades que se parece com a lendária Torre de Babel, uma torre construída por um povo antigo que falava a mesma língua com o objetivo que o cume chegasse ao céu. Vendo isto como uma afronta, Deus confundiu os idiomas, fazendo com que os envolvidos se desentendessem e desistissem do projeto.
- No mangá, após receber a bebê Atena e a armadura de ouro de Sagitário e perceber que deveria enviar seus filhos em diferentes lugares do mundo, Mitsumasa Kido compara tal atitude ao patriarca Abraão, que teve que enviar seu filho Ismael para longe e, depois ainda foi desafiado a levar seu outro filho Isaque para o sacrifício.
Menções ambíguas
- De acordo com a bíblia que Hyoga possuía, Lúcifer recebera do "criador do universo" beleza e sabedoria sem fim, mas que por tentar superar o próprio criador, fora banido ao Inferno junto de seus anjos caídos.
- A identidade de tal criador nunca é especificada, mas assume-se que, por sua relação com a religião cristã, o termo se refira ao mesmo Deus seguido por Natássia.
- Shunrei é vista orando por Shiryu de Dragão durante a batalha das doze casas, e os efeitos da prece irritam Máscara da Morte de Câncer.
- Esse deus também seria ao menos o criador do arcanjo Miguel.
Curiosidades
- Muitos teorizam que Deus é na verdade Zeus após seu desaparecimento.
- O "Deus nacional" dos reinos de Israel e Judá durante a Idade do Ferro se chamava Javé (YHVH) ou Jeová nos livros sagrados locais, e no Torá judaico, o nome para deidades de religiões levantinas é Elohim, uma palavra que é tanto plural quanto singular.
- Uma figura relacionada a ele, Jesus, fora mostrado em uma ilustração de Saint Seiya Taizen junto de "deuses humanos", mortais que atingiram o nono sentido, o que por si só contradiz a tríplice cristã (pai, filho e epírito santo). A crença cristã, porém, não é a única em que "Deus" se encaixa.
- Por conta das dúvidas a respeito de sua identidade, é impossível afirmar se é um deus original ou um humano que atingiu o nono sentido (processo descrito em Taizen).
- Além de entidades das mitologias grega e cristã, também foram mencionados no anime, mangá e spin-offs deuses das mitologias nórdica, egípcia, celta, asteca, chinesa e romana, dentre outras. Foi uma forma que os produtores do filme Os Guerreiros do Armageddon encontraram para o enredo do filme ser aceito em países cristãos e curiosamente ajudou a explicar o fato de deuses de mitologias além da grega terem sido retratados no mangá e anime, com a publicação do Hipermito deixando tudo mais claro.
- Assim como o Portal do Espaço-Tempo, uma área secreta acessível pelo Monte Olimpo é o Plano de Existência do Grande Deus do Tempo Eterno Chronos cuja existência transcende o Olimpo, e os 12 deuses Olímpicos. É possivel que, o Empíreo mostrado no Filme Guerreiros do Armageddon seja o Plano Celestial Metafísico que transcende o Monte Olimpo e os 12 deuses do Olimpo, que é o lar do Grande Deus Judaico da Criação.